In früheren Zeiten war der Bafasee ein Teil der Ägäis, der Golf von Latmos. Im Norden der Einfahrt zum Golf war Priene, im Süden Milet. Im Golf war die kleine Stadt Herakleia.

Der Golf war ein wichtiger Abbauort für Marmor. Der Marmor für den Apollontempel in Didyma wurde hier abgebaut. Mit der Zeit schnitt der Mäander den Golf vom Meer ab und verlandete auch Milet und Priene. Dies war das Ende dieser wichtigen hellenistischen Städte und änderte vieles in der Geschichte des Altertums.

Aber es war auch die Geburt für die Mönche, die ihre Klöster in der Einsamkeit des Bafasees und des Latmosgebirges bauten. Zwischen dem 9 Jh. bis zum 13 Jh. bauten sie 11 Klöster und bildeten ein wichtiges Zentrum für byzantinische Kultur.